Du fait de ce succès électoral pour l'ISNI, l'organisation étudiante UNEF (union nationale des étudiants de France) tente de remettre en cause le droit des internes à voter et être éligibles au sein de ce conseil en demandant l'annulation de l'élection. Cette action s'inscrit ainsi dans une politique nationale d'exclusion des étudiants en santé, comme ce fut le cas à l'université d'Aix Marseille.

L'ISNI rappelle que par leurs publications et leurs travaux de thèse, les étudiants inscrits en troisième cycle des études de santé participent activement à la recherche universitaire et que, de ce fait, il est illégitime de leur refuser la même représentation universitaire que les autres étudiants de troisième cycle.

La décision d'annuler les élections au seul motif que les internes y ont participé constitue donc une discrimination contre laquelle l'ISNI entend lutter. De ce fait, l'ISNI s'oppose vivement aux actions de l'UNEF qui, fortement menacée de perdre son caractère majoritaire, s'oppose au droit des internes à être représentés au sein des commissions de la recherche des universités, privilégiant ses intérêts électoraux, dans une vision clientéliste.